Школа Сакья близко связана с древней тибетской линей предков Кхон, которая, согласно традиции произошла от божественных существ. Эта линия продолжается вплоть до сегодняшних дней. Кхон Кончок Гьялпо (1034-1102) считается основателем традиции Сакья.

Школа Ньингма образовалась, когда в 817 король Тибета Трисонг Децен пригласил из Индии мастера Падмасамбхаву и монаха Шантаракшиту из университета Наланда, которые в течение многих лет с помощью 108 переводчиков и 25 учеников перевели на тибетский язык всю буддийскую литературу.