Школа Сакья близко связана с древней тибетской линей предков Кхон, которая, согласно традиции произошла от божественных существ. Эта линия продолжается вплоть до сегодняшних дней. Кхон Кончок Гьялпо (1034-1102) считается основателем традиции Сакья.

В одиннадцатом веке, в Цанге из-за кармических омрачений практика Дхармы стала очень слабой и извращенной. Глава семьи, Шераб Цультрим решил, что пришло время искать новое учение Тантры в Индии. Младший брат, Кончог Гьялпо, учился с Дрогми Лоцавой.

Кхон Кончог Гьялпо построил первый храм Горум Зимчи Карпо в 1073 году. Храм был построен в южной части провинции Цанг, - месте с серой землей (sa skya). Это место было предсказано Гуру Ринпоче и Атишей, как место, где будут являться будды и бодхисаттвы. Считается, что Атиша по пути из Индии в Тибет в 1040 году сделал подношения в том месте, где позже был построен монастырь. Он также пророчил, что это место засвидетельствует один бодхисаттва, воплощение Аволокитешвары, семь бодхисаттв, воплощений Манджушри и один бодхисаттва, воплощение Ваджрапани. Это место дало традиции название Сакья, даже если Кхон и лха риг тоже эквивалентные названия.

Определенные учения Сакья идут от индийского йога Вирупы, который передал учение к Гьядхаре, у которого, в свою очередь был тибетский ученик по имени Дрогми Шакья Еше. Дрогми путешествовал по Индии и получил много учений и посвящений, включая так называемую передачу Ламдре, идущую от Вирупы. У Дрогми был ученик Кхон Кончок Гьялпо, который построил монастырь в провинции Цанг в центральном Тибете, и назвал его Сакья, что означает «серая земля».

Традиция Сакья была установлена Пятью Иерархами Сакья: Сачен Кунга Ньингпо, Сонам Цемо, Джетсун Дракпа Гьялцен, Сакья Пандита Кунга Гьялцен и Дрогон Чогьял Пхагпа.